Médico Cirujano General y Gastroenterólogo
Nació el 30 de noviembre del 1942 y creció en Villa Consuelo en Santo Domingo, tutelado por su abuela Pilar. Salió del país en el 1965. Aprendiz de zapatería y fundidor hasta los diecisiete años. Becado de la Universidad Autónoma de Santo Domingo, UASD. Terminó su carrera de Medicina en España en el 1968. En el 1976 se graduó de la especialidad en Gastroenterología y en Cirugía de la Universidad de Barcelona.

Fue dirigente estudiantil desde el 1961 hasta el 1965 de la Federación de Estudiantes Dominicanos, FED. Conoció la desnudez en las mazmorras del Palacio de la Policía y por breve período la cárcel. Se autoexilió en Europa el 28 de septiembre del 1965. Fregó muchos platos en Suecia. Fue presidente de la Asociación de Estudiantes Dominicanos y junto al escritor Pedro Vergés, al doctor Pablo Martínez y al historiador Emiliano Moreno, fundó en el 1967 los Seminarios de Estudios Hispanoamericanos en España.

Regresó al país en el 1969 para realizar su pasantía de medicina en La Romana, siendo delegado de la Regional del Este al Primer Consejo Nacional de la Asociación Médica Dominicana, AMD en el 1970.

Trabajó para el Instituto Catalán de la Salud. Desde el 1976 hasta el 1982. Fue cirujano ayudante del Profesor Ramón Trías Rubíes y jefe de cirugía digestiva del Hospital Universitario de la Santa Cruz y San Pablo. Es jefe agregado de cirugía del Instituto Policlínico de Barcelona desde diciembre de 1978 y profesor de la Escuela Catalana de Medicina y Traumatología Deportiva. Es coautor de un tratado de la especialidad. Investigador clínico pionero en las técnicas de cirugía mini-invasiva y laparoscópica. Cirujano consultor del Consulado Italiano en Cataluña  de la Mutual General Deportiva de Cataluña y Baleares.

Es miembro de la Academia de Ciencia Médicas y de varias sociedades científicas. Ex-alumno y miembro de la Asociación de Escuela de Alta Dirección y Administración, EADA. Participa en dos empresas, con responsabilidad social en la República Dominicana.

Ha sido distinguido con el premio John G. Hagan de la Facultad de Medicina de la UASD, con una beca de post-grado del Instituto de Cultura Hispánica, con el Caballero de la Orden al Mérito de la República Italiana. Es socio Paul Harris Fellow de Rotary Internacional. Es el socio número 365 del Círculo del Liceo de Barcelona y correspondiente del Círculo de Bellas Artes de Madrid y del Pen Club de Nueva York.

Es director del área de Educación Superior, Ciencia y Tecnología y Sanidad del Consejo Consultivo de la Presidencia para los Dominicanos en el Exterior, CCPDE en Cataluña

Juan J. Fernández Martínez fue nominado a la Primera Edición del Premio Dominican@ Presente, 2007 por el Consejo Consultivo de la Presidencia de los Dominicanos en el Exterior de la ciudad de Barcelona en España.